Nom des responsables de la structure
- PIerre Pétriacq
Tutelles de la structure
- INRA, Université de Bordeaux, CNRS
Personne référent pour les échanges avec MetaboHUB
- Pierre Pétriacq
Site géographique
- Centre INRA de Bordeaux, Site de Villenave d'Ornon, IBVM CS20032 33140 Villenave d'Ornon
Adresse du site web
Domaine d’application
Plantes et produits issus de plantes
Services types
La Plateforme MetaboHUB Bordeaux est ouverte à l'ensemble de la communauté pour la mise à disposition de services, d’équipements et d'expertise.
Elle propose des services ou collaborations pour l’acquisition et l’interprétation de profils métabolomiques ou lipidomiques, l’identification et/ou l’analyse de métabolites (RMN et MS), et la mesure d’enrichissements isotopiques. Les autres activités de la Plateforme concernent la formation et les développements technologiques.
En collaboration avec PHENOME, la Plateforme MetaboHUB Bordeaux développe des méthodes d’extraction robotisée.
En collaboration avec la Plateforme de Bioinformatique de Bordeaux, elle a développé MeRy-B (http://bit.ly/meryb) une Base de Données et de Connaissances Métabolome dédiée aux plantes.
La Plateforme MetaboHUB Bordeaux a développé NMRProcFlow (www.nmrprocflow.org) une application web pour le retraitement des spectres RMN, et BioStatFlow (biostatflow.org/) une application web pour les analyses statistiques de données omiques dont les données métabolomiques.
Capacité analytique avec le type de techniques maitrisées
La Plateforme MetaboHUB Bordeaux réalise plus de 20 000 analyses métabolomiques ou lipidomiques pour plus de 100 projets par an.
Techniques : RMN 1D et multidimensionnelle des liquides, LC-RMN, LC/LC-MS, GC/GC-MS, HPTLC.
Liste des équipements
Spectromètre de RMN 500 MHz et son environnement (2001, 2010)
Spectromètre de RMN 600 MHz (2008) et son environnement dont une sonde LC-RMN (2008)
Chaîne LC-MS QqTOF (2007)
Chaîne LC-MSn ion trap (2007, 2014)
Chaîne GC-MS (2006, 2017)
Chaînes LC-Qtrap-MS (2017)
Chaîne UHPLC-LTQ-Orbitrap-MS (2014)
Systèmes robotisés de phénotypage métabolique à haut débit en microplaques (2009-2014, PHENOME)
Compétences et ressources humaines
La Plateforme MetaboHUB Bordeaux fonctionne grâce à la présence d’une vingtaine de permanents de l’INRA, du CNRS ou de l’Université de Bordeaux y travaillant à temps plein ou partiel. Plusieurs CDD des projets IA MetaboHUB et PHENOME contribuent aux développements technologiques.
Les compétences des membres sont complémentaires et incluent biologie, biochimie, chimie, bioinformatique, et biostatistiques.
Démarche qualité
La Plateforme MetaboHUB Bordeaux est labellisée IBiSA (depuis 2008) et Plate-forme Stratégique Nationale INRA (2008 et 2013)
Son système de Management de la Qualité a été certifié ISO 9001:2008 par l'organisme LRQA de 2013 à 2015, et se base actuellement sur ce référentiel.