Les membres du MetaboHUB
L'infrastructure MetaboHUB est distribuée sur 4 sites en France indiqués par le pictogramme : .
L'infrastructure MetaboHUB est distribuée sur 5 sites en France
La "Plateforme Métabolome Bordeaux" (BMP) est une plateforme de métabolomique (labellisée IBiSA et reconnue comme plateforme stratégique par l'INRA depuis 2008) dédiée à la génomique fonctionnelle végétale, la génétique et l'amélioration variétale, ainsi qu'à l'étude des relations plante-pathogène ou plante-ravageur et à l'écophysiologie. BMP traite majoritairement des échantillons végétaux ou issus de végétaux. BMP propose des services de recherche ou des collaborations de recherche à des partenaires publics ou privés pour l'acquisition et l'interprétation de profils métabolomiques ou lipidomiques, l'identification et/ou l'analyse de métabolites (RMN, MS), et des mesures d'enrichissement isotopique. La formation et les développements technologiques sont également des activités de la plateforme. Le système de Management de la Qualité a été certifié ISO 9001:2008 par LRQA.
Dans le cadre de MetaboHUB, BMP a pour objectif d'élargir les méthodes de profilages ciblés et non-ciblés proposées jusqu'ici en métabolique/lipidomique pour les échantillons végétaux et d'identifier de nouveaux métabolites. MetaboHUB va permettre (1) de mettre en œuvre la quantification par LC-MS ciblée de métabolites présents à faibles concentrations, (2) de développer les profils lipidomiques à haut-débit par MS, (3) de faciliter et d'accélérer l'identification des métabolites dans les analyses métabolomiques et lipidomiques non ciblées, (4) de développer une nouvelle expertise en analyse métabolique au niveau sub-cellulaire et en analyse des réseaux métaboliques, (5) de poursuivre le développement des bases de données spectrales et de connaissance initiées lors de projets précédents.
Photographe © Thomas Sanson
La PFEM offre à la communauté scientifique des concepts, outils et méthodes dans le domaine de l'analyse globale du métabolisme, afin d'étudier d'une part les effets des régimes alimentaires sur la santé, d'identifier et de quantifier des biomarqueurs liés au statut nutritionnel, et d'étudier d'autre part l'influence de l'environnement sur les écosystèmes bactériens des sols, lacs et nuages.
La PFEM, plateforme stratégique INRA, a été labellisé IBiSA en 2010. L'ensemble de ses activités est dédié aux études métaboliques, allant des analyses ciblées (analyses compartimentales de flux, quantification de métabolites dans différents compartiments d'organismes) aux approches de métabolomiques globales (détermination de profils métaboliques et identification de biomarqueurs).
Dans le cadre de MetaboHUB, la PFEM a pour objectif : (1) d'améliorer la rapidité des analyses et la quantification des métabolites dans différentes matrices biologiques(2) de faciliter l'identification des métabolites dans les approches métabolomiques non-ciblées afin de découvrir des biomarqueurs de disfonctionnement du métabolisme endogène et des indicateurs du statut nutritionnel (3) de développer des bases de données spectrales et des outils bioinformatiques pour l'annotation automatisée du métabolome, (4) de combiner les approches métabolomiques et d'analyses des flux afin de fournir de nouvelles possibilités d'exploration du métabolisme.
Crédits : P. Stroppa/CEA, L. Godart/CEA
MetaToul comprend quatre activités principales (1) analyse quantitative (métabolomique et fluxomique) des réseaux métaboliques, (2) lipidomique, (3) étude des xénobiotiques et (4) analyse des métabolites secondaires végétaux.
- Plateforme CEISAM Corsaire
- Nom du responsable de la structure : Patrick Giraudeau
- Site géographique : Université de Nantes, Faculté des sciences et techniques, 2 rue de la Houssinière, 44300 Nantes
- Domaine d’application : Résonance Magnétique Nucléaire haute résolution pour la métabolomique , l’isotopomique et le suivi de transformations. Spectrométrie de masse de rapports isotopiques.
La plateforme CEISAM Corsaire regroupe l’ensemble des spectromètres RMN et des spectromètres de masse de rapport isotopique du laboratoire CEISAM (UMR 6230 de l’Université de Nantes et du CNRS). Elle est étroitement liée aux activités de l’équipe de recherche MIMM, dont l’expertise est reconnue au niveau international dans le domaine de l’analyse de mélanges par RMN et de l’analyse isotopique en abondance naturelle (isotopomique). Elle est l’un des membres fondateurs de la plateforme Corsaire (plateforme de métabolomique du Grand Ouest émanant de Biogenouest).
Dans le cadre de MetaboHUB, la plateforme CEISAM Corsaire a vocation à mettre à la disposition de la communauté ses développements innovants en RMN pour la métabolomique ciblée et non-ciblée, notamment via des méthodes d’analyse différenciantes comme la RMN multi-dimensionnelle rapide et quantitative ou la polarisation dynamique nucléaire. La plateforme CEISAM Corsaire est également leader dans le développement d’approches isotopomiques par RMN et spectrométrie de masse de rapports isotopiques, qui viendront compléter l’expertise en fluxomique de MetaboHUB.