Les sites et implantations

La "Plateforme Métabolome Bordeaux" (BMP) est une plateforme de métabolomique (labellisée IBiSA et reconnue comme plateforme stratégique par l'INRA depuis 2008) dédiée à la génomique fonctionnelle végétale, la génétique et l'amélioration variétale, ainsi qu'à l'étude des relations plante-pathogène ou plante-ravageur et à l'écophysiologie. BMP traite majoritairement des échantillons végétaux ou issus de végétaux. BMP propose des services de recherche ou des collaborations de recherche à des partenaires publics ou privés pour l'acquisition et l'interprétation de profils métabolomiques ou lipidomiques, l'identification et/ou l'analyse de métabolites (RMN, MS), et des mesures d'enrichissement isotopique. La formation et les développements technologiques sont également des activités de la plateforme. Le système de Management de la Qualité a été certifié ISO 9001:2008 par LRQA.

Dans le cadre de MetaboHUB, BMP a pour objectif d'élargir les méthodes de profilages ciblés et non-ciblés proposées jusqu'ici en métabolique/lipidomique pour les échantillons végétaux et d'identifier de nouveaux métabolites. MetaboHUB va permettre (1) de mettre en œuvre la quantification par LC-MS ciblée de métabolites présents à faibles concentrations, (2) de développer les profils lipidomiques à haut-débit par MS, (3) de faciliter et d'accélérer l'identification des métabolites dans les analyses métabolomiques et lipidomiques non ciblées, (4) de développer une nouvelle expertise en analyse métabolique au niveau sub-cellulaire et en analyse des réseaux métaboliques, (5) de poursuivre le développement des bases de données spectrales et de connaissance initiées lors de projets précédents.


Photographe © Thomas Sanson

La plateforme "Exploration du Métabolisme" (PFEM, Clermont-Ferrand) allie les compétences de 2 partenaires (INRA et UCA) et est spécialisée dans l'étude de l'effet des aliments et des nutriments sur les principales fonctions physiologiques chez l'Homme et l'animal, ainsi que dans celle des stimuli environnementaux sur les systèmes biologiques.
La PFEM offre à la communauté scientifique des concepts, outils et méthodes dans le domaine de l'analyse globale du métabolisme, afin d'étudier d'une part les effets des régimes alimentaires sur la santé, d'identifier et de quantifier des biomarqueurs liés au statut nutritionnel, et d'étudier d'autre part l'influence de l'environnement sur les écosystèmes bactériens des sols, lacs et nuages.
La PFEM, plateforme stratégique INRA, a été labellisé IBiSA en 2010. L'ensemble de ses activités est dédié aux études métaboliques, allant des analyses ciblées (analyses compartimentales de flux, quantification de métabolites dans différents compartiments d'organismes) aux approches de métabolomiques globales (détermination de profils métaboliques et identification de biomarqueurs).
Dans le cadre de MetaboHUB, la PFEM a pour objectif : (1) d'améliorer la rapidité des analyses et la quantification des métabolites dans différentes matrices biologiques(2) de faciliter l'identification des métabolites dans les approches métabolomiques non-ciblées afin de découvrir des biomarqueurs de disfonctionnement du métabolisme endogène et des indicateurs du statut nutritionnel (3) de développer des bases de données spectrales et des outils bioinformatiques pour l'annotation automatisée du métabolome, (4) de combiner les approches métabolomiques et d'analyses des flux afin de fournir de nouvelles possibilités d'exploration du métabolisme.

La plateforme MetabolomeIDF (Ile de France, Paris-Saclay) est spécialisée dans les études de métabolomiques utilisant des méthodes basées sur la spectrométrie de masse à source d'ionisation à pression atmosphérique (API-MS), mais également dans le traitement du signal, l'analyse chimiométrique et l'annotation. MetabolomeIDF apporte à MetaboHUB ses connaissances et son expertise en analyse par API-MS et en traitement informatique des données. La plateforme a pour objectif de participer à l'analyse métabolomique d'échantillons biologiques provenant de cohortes médicales afin de découvrir des biomarqueurs de diagnostic et de suivi de pathologies Dans le cadre de MetaboHUB, MetabolomeIDF participera au développement de la métabolomique quantitative, à la construction de bases de données relationnelles de métabolites et de signatures métaboliques dans des conditions physiologiques et pathologiques variées, et soutiendra l'utilisation de la métabolomiques dans les laboratoires cliniques pour un suivi médical des patients de meilleure qualité. MetabolomeIDF fournira également des compétences dans le développement d'algorithmes et d'outils logiciels essentiels pour le traitement du signal, l'analyse statistique des données, et pour leur intégration avec les données issues d'autres plateformes omiques.


Crédits : P. Stroppa/CEA, L. Godart/CEA 

MetaToul est la plateforme de Métabolomique et Fluxomique de Toulouse . MetaToul est une plateforme multi-organismes (INRA, CNRS, INSERM, Université de Toulouse, Hôpitaux de Toulouse), labellisée IBiSA (2009) et reconnue comme plate-forme stratégique par l'INRA (2009). Elle regroupe des compétences (29 chercheurs, ingénieurs, techniciens) et des moyens (équipements lourds : RMN, spectrométrie de masse) dans le domaine de l'analyse globale du métabolisme. MetaToul met à disposition de la communauté scientifique les concepts, outils et méthodes liés à l'analyse du métabolisme à l'échelle d'un système biologique (cellule, tissu, organisme). C'est un outil de biologie intégrative permettant de répondre à des problématiques situées principalement dans deux domaines principaux: 1) microbiologie, biotechnologies et interactions hôte/microorganisme et 2) santé, toxicologie et sécurité alimentaire. En s'appuyant sur des expertises complémentaires (biochimie, chimie analytique, biophysique, bioinformatique, biomathématiques). MetaToul fournit aux scientifiques un large éventail d'expertises et de services dans le domaine de la métabolomique: 1) analyse ciblée et non-ciblée des métabolites, comprenant l'étude de leurs structures; 2) identification et analyse des voies et des réseaux métaboliques; 3) mesure des flux métaboliques; et 4) chimiométrie, phénotypage métabolique et identification de biomarqueurs. Ces services sont très divers en termes de temps et d'efforts, allant des analyses de métabolites de routine au développement conséquent de méthodes de RMN ou de MS de pointe, leur validation et leur application.
MetaToul comprend quatre activités principales (1) analyse quantitative (métabolomique et fluxomique) des réseaux métaboliques, (2) lipidomique, (3) étude des xénobiotiques et (4) analyse des métabolites secondaires végétaux.

CEISAM Corsaire Nantes

• Plateforme CEISAM Corsaire
• Nom du responsable de la structure : Patrick Giraudeau
• Site géographique : Université de Nantes, Faculté des sciences et techniques, 2 rue de la Houssinière, 44300 Nantes
• Domaine d’application : Résonance Magnétique Nucléaire haute résolution pour la métabolomique , l’isotopomique et le suivi de transformations. Spectrométrie de masse de rapports isotopiques.

 

La plateforme CEISAM Corsaire regroupe l’ensemble des spectromètres RMN et des spectromètres de masse de rapport isotopique du laboratoire CEISAM (UMR 6230 de l’Université de Nantes et du CNRS). Elle est étroitement liée aux activités de l’équipe de recherche MIMM, dont l’expertise est reconnue au niveau international dans le domaine de l’analyse de mélanges par RMN et de l’analyse isotopique en abondance naturelle (isotopomique). Elle est l’un des membres fondateurs de la plateforme Corsaire (plateforme de métabolomique du Grand Ouest émanant de Biogenouest).

Dans le cadre de MetaboHUB, la plateforme CEISAM Corsaire a vocation à mettre à la disposition de la communauté ses développements innovants en RMN pour la métabolomique ciblée et non-ciblée, notamment via des méthodes d’analyse différenciantes comme la RMN multi-dimensionnelle rapide et quantitative ou la polarisation dynamique nucléaire. La plateforme CEISAM Corsaire est également leader dans le développement d’approches isotopomiques par RMN et spectrométrie de masse de rapports isotopiques, qui viendront compléter l’expertise en fluxomique de MetaboHUB.