Offres de formation


Ecoles chercheurs/Ateliers


13C Fluxomics

Scope: international
Objective: The aim of this one week session is to assist scientist in the analysis of their metabolic profiles. Trainee is fully integrated in a computational biologists team and can directly interact with them on a daily basis. The objective is to reach autonomy on the usage of metabolomics data analysis in the context of genome scale network. Participants, in agreement with trainers, have to prepare their data prior to their venue to allow efficient training.
Audience: Scientists seeking training in 13C fluxomic experimentation
Number of participants: from 3 to 10
Duration: One week
Fees:
Dates and place of the next session:
dates on request, place : Toulouse
Programme:
Module 1: Metabolic networks and Fluxomics in systems biology
Objective of training: Deliver an overview of the theorical aspects of metabolic network and fluxomics analyses in the field of systems biology.
Module 2: Experience with 13C labelling
Objective of training : Deliver up to date training on sample preparation for analysis of metabolic flux
Module 3: Contribution of Mass Spectrometry in Fluxomics
Objective of training: Deliver up to date training on the basics and analytical technology developments of mass spectrometry analysis for Fluxomics
Module 4 : Contribution of NMR in Fluxomics
Objective of training : Deliver a training on the basics and analytical technology developments of nuclear magnetic resonance analysis for Fluxomics
Module 5 : Flux calculations
Objective of training : Deliver a training on the structure of a metabolic mathematical model and on theuseofinflux_s software utilization for flux calculations
module 6: High Throughput fluxomics
Objective of training: Introduce the basis on the high throughput approaches for fluxomics and present the different robotic systems available on the platform.
Contact: floriant.bellvert@insa-toulouse.frlindsay.peyriga@insa-toulouse.frWebsite: metatoul.fr
Support: MetaToul

2016 "Sur demande"

Lipidomics

Scope: International
Objective: The aim of this formation is to have the theoritical and practical basis to be able to analyse and quantify the main family of lipid (Fatty acid,  neutral lipids, abundant phospholipids and sphingolipids).The formation can be adapted on request to minor compound such as eicosanoides, isoprostanoin, oxysterols...
Audience: Scientist interested in lipid analysis : student, engineer, researcher
Number of participants: 3-5 participants
Duration: 3 to 5 days depending of the program
Fees: depending on the training
Dates and place of the next session: on request, Toulouse, France
Programme: theoretical course for one day, 1 days sample preparation, 1 to 3 days for data processing and quantification.
Contact: justine.bertrand-michel@inserm.fr
Website: http://www.metatoul.fr/
Support: Metatoul

2016 "Sur demande"

Métabolomique, outils et méthodologies

Environnement : francophone
Objectif : Formation intra CNRS pour besoins en local
Public : chercheurs, ingénieurs et technicien des laboratoires du site / région
Nombre de participants : 15-20
Durée : 3 jours
Tarifs : Intra CNRS
Date et lieu de la prochaine session : non programmée
Programme :
Jours 1 & 2 :
Introduction, Développement d’un projet, Les outils de l’analyse : RMN, LC & GC/MS, Les outils de l’interprétation : Galaxy4metabolomics, statistiques théoriques et appliquées, Conclusion
Jour 3 :
Introduction, Les principaux verrous, Traitement avancé du signal et des données, Intégration des données en réseaux métaboliques, Conclusion
Contact : C. Jousse (UBP, Clermont-Ferrand)
Site web : non
Sponsors : CNRS, UBP, FRE

2016 "Sur demande"

Métabolomique quantitative par spectrométrie de masse

Environnement : francophone
Objectif : L’objectif de ce stage est d’apporter les connaissances fondamentales et pratique pour quantifier des métabolites ed facon relative ou absolue par spectrométrie de masse dans un contexte d’approche métabolomique.
Public : Ce stage s’adresse à des techniciens supérieurs, ingénieurs et chercheurs
Nombre de participants : 3 à 6 personnes
Durée : 3 journée / 19h
Tarifs : 1310€/personnes
Date et lieu de la prochaine session : semaine du 13 novembre du  2017 et sur demande pour groupe supérieur à 3. Toulouse
Programme :
COURS THÉORIQUES (1,5 JOURS) :
1.Introduction au métabolome
2. Fondements en spectrométrie de masse pour l’analyse des petites molécules: Instrumentation / Stratégie d’identification/ Stratégie de quantification Techniques de couplage (GC-MS, LC-MS, CE-MS)
3. Stratégies d’analyse du métabolome et applications
TRAVAUX PRATIQUES (1,5 JOURS)
-Quantification des métabolites intracellulaires d’Escherichia coli : Préparation des échantillons / Techniques d’extraction / Quenching
--Analyse par couplage IC-MS/MS
Quantification par dilution isotopique généralisée (IDMS)
-Traitement des données
Contact : floriant.bellvert@insa-toulouse.fr
Site web :  INSA Toulouse formation
Sponsors : INSA toulouse et MetaToul

Semaine du 13 Novembre 2017

Initiation à la Métabolomique

Environnement : francophone
Objectif : L’objectif de ce stage est d’apporter les connaissances théoriques sur la métabolomique et des différents outils analytiques utilisés en métabolomique (spectrométrie de masse, RMN ) ainsi que d’initier aux pratiques expérimentales de base en métabolomique.
Public : ingénieurs ou assistants-ingénieurs
Nombre de participants : 3 à 8 personnes
Durée : 1 journée / 7h
Tarifs : 670€/personnes
Date et lieu de la prochaine session : le 7 mars 2017 et sur demande pour groupe supérieur à 3. Toulouse
Programme :
-Qu’est ce que la métabolomique ? (Définition / principe)
-Pourquoi faire ? (Approches / domaines d’application)
-Quels outils pour quelles approches ? (Stratégies / équipements / schémas)
Contact : floriant.bellvert@insa-toulouse.fr
Site web :  INSA Toulouse formationSponsors : INSA toulouse et MetaToul

7 Mars 2017

Extraction et analyse des phytohormones par spectrometrie de masse

Environnement : francophone
Objectif : L’objectif de ce stage est d’apporter les connaissances fondamentales et pratiques pour extraire et quantifier des phytohormones de façon relative ou absolue par spectrométrie de masse.
Public :Ce stage s’adresse à des techniciens supérieurs, ingénieurs et chercheurs
Nombre de participants : 2 à 3 personnes
Durée : 3 journées / 19h
Tarifs : 1500€/personne
Date et lieu de la prochaine session : sur demande à partir de janvier 2017 à Castanet Tolosan.
Programme : COURS THÉORIQUES (1 JOUR) :
1.Introduction au métabolome végétal.
2.Choix de la méthode d’extraction en fonction des phytohormones ciblées.
3.La spectrométrie de masse pour l’analyse des petites molécules:
Instrumentation / Stratégie d’identification/ Stratégie de quantification Techniques de couplage (GC-MS, LC-MS)
TRAVAUX PRATIQUES (2 JOURS)
-Extraction des phytohormones
--Préparation des échantillons (SPE, dérivatisation …)
Analyse par couplage LC-MS et/ou GC-MS
-Traitement des données
Contact : danoun@lrsv.ups-tlse.fr
Site web :  metatoul.fr et  https://www.lrsv.ups-tlse.fr/

2017 "Sur demande"

e-MetaboHUB: W4M, MetExplore, NMRProcFlow, PeakForest


MetExplore - Metabolomics data analysis in the context of metabolic networks

Scope: international
Objective: The aim of this training is to provide theoretical background and hands on session on metabolomics data analysis in the context of metabolic pathways and networks. All the steps allowing to go from a list of metabolites to the extraction of a significant sub-network are addressed. Background on genome scale metabolic network and graph algorithms is provided to trainees.
Audience: Scientists interested in making sense of their metabolic profiles.
Number of participants: from 10 to 30.
Duration: Training can be adapted to last from 3 hours to 2 days.
Fees: depends on the training.
Dates and place of the next session: February 9th to 13th 2017, EMBO training on metabolomics data analysis (Hinxton, UK).
Programme: The main tool used is MetExplore (www.metexplore.fr) but other online resources like KEGG or CTS (Chemical Translation Service) are covered.
Contact: metexplore@toulouse.inra.fr
Support: MetaboHUB, RFMF

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9 au 13 Février 2017

Workflow4Experimenters (W4E): Using Galaxy and the Workflow4metabolomics infrastructure to analyse your metabolomics data sets (joint training from IFB and MetaboHUB)

Scope: international
Objective: Pre-processing, statistical analysis, and annotation of metabolomics data is a complex task. The Workflow4metabolomics online infrastructure provides a user-friendly and high-performance environment with advanced computational modules for building, running, and sharing complete workflows for LC-MS, GC-MS, and NMR analysis (Giacomoni et al, 2015)
Audience: LC-MS, GC-MS and NMR experimenters (e.g. biologists, chemists)
Number of participants: 25
Duration: 1 week
Fees: 750 € (academia) and 1500 € (industry)
Dates and place of the next session: 29 May to 02 June  2017, Pasteur Institute (Paris)
Programme: During this one-week course, participants will learn how to use the W4M infrastructure to analyze their own dataset. Morning sessions will be dedicated to methodology and tools. Afternoon sessions will be devoted to tutoring.
Contact: contact@workflow4metabolomics.org
Website: http://workflow4metabolomics.org/Support: IFB, MetaboHUB, RFMF, ELIXIR

29 Mai - 02 Juin 2017

MetExplore personal training

Scope: international
Objective: The aim of this one week session is to assist scientist in the analysis of their metabolic profiles. Trainee is fully integrated in a computational biologists team and can directly interact with them on a daily basis. The objective is to reach autonomy on the usage of metabolomics data analysis in the context of genome scale network. Participants, in agreement with trainers, have to prepare their data prior to their venue to allow efficient training.
Audience: individual scientists willing to get autonomy on network analysis.
Number of participants: 1
Duration: few days to one week
Fees: 2500 € (academia) 5000 € (industry)
Dates and place of the next session: on request
Programme: MetExplore and Cytoscape
Contact: Fabien.Jourdan@inra.fr
Website: www.metexplore.frSupport: INRA

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2016 "Sur demande"