Types d’échantillons travaillés

Les principales prestations concernent l’analyse de nombreuses matrices biologiques à l’aide des outils de la métabolomique et de la fluxomique.
Nos laboratoires possèdent l’expertise et les connaissances pour la préparation des échantillons et l’acquisition des données à partir d’un large panel de matrices biologiques (plantes, microorganismes, cellules humaines, biofluides et tissus animaux).

Voici les domaines d'application privilégiés des quatre plateformes de MetaboHUB

Le déchiffrage du métabolome est une étape clé pour :

Santé, recherche clinique et médecine :

Un des défis les plus importants aujourd'hui en médecine est de comprendre et de mettre en évidence des interactions entre gènes et environnement (mode de vie, alimentation, ou exposition aux polluants) pour la découverte de biomarqueurs. La métabolomique aide à comprendre ces interactions et ouvre la voie vers la médecine personnalisée (adaptation d'un traitement aux spécificités génétiques et environnementales des patients).
La plateforme MetabolomeIDF (Ile de France, Paris-Saclay) 
La plateforme MetaToul

Nutrition humaine et Alimentation :

Le métabolisme humain varie avec l'âge, la composition du microbiote intestinal et le style de vie même des individus. En sondant l'ensemble des métabolites, la métabolomique contribue à caractériser un phénotype intégrant génotype et facteurs externes tels que l'alimentation et ses répercussions sur l'état de santé des individus. Elle offre une excellente opportunité d'évaluer la réponse métabolique aux régimes alimentaires. De plus, la métabolomique est particulièrement adaptée au développement d'une nouvelle génération de biomarqueurs complexes associant dans un réseau de métabolites la diversité des voies métaboliques pouvant être impliquées dans un dysfonctionnement ou une réponse globale à l'alimentation. Elle peut participer efficacement à la description de l'ensemble des effets des nutriments sur différentes fonctions physiologiques et à la caractérisation objective du statut nutritionnel, voire des habitudes alimentaires de sous- populations.
La métabolomique constitue par conséquent une approche très informative dans une stratégie d'intégration des données et un outil pertinent pour étudier la complexité des relations existant entre alimentation et santé.
La plateforme "Exploration du Métabolisme" (PFEM, Clermont-Ferrand)
La plateforme MetabolomeIDF (Ile de France, Paris-Saclay) 
 

Agroscience, biologie végétale et biotechnologies vertes : 

La métabolomique est cruciale pour comprendre pleinement les réponses des plantes aux modifications génétiques ou aux stress environnementaux. Des apports sont attendus pour la création variétale, l'amélioration des pratiques culturales, en chimie et les biotechnologies vertes.
La "Plateforme Métabolome Bordeaux" (BMP) 
La plateforme MetaToul
 
 

Microbiologie et biotechnologies blanches :

La métabolomique est un domaine de recherche clé pour la compréhension des systèmes microbiens, que ce soit dans un contexte fondamental ou appliqué. MetaboHUB va ainsi soutenir des projets de biologie intégrative et de biologie des systèmes pour une grande diversité de microorganismes (organismes modèles et autres), en lien avec les agrobiosciences, la nutrition ou la santé, ainsi que des projets de biotechnologies blanches (i.e. les biotechnologies industrielles) visant à concevoir et optimiser de nouvelles enzymes et de nouvelles voies métaboliques en vue de la production de molécules d'intérêt.
La plateforme MetaToul

Toxicologie et environnement :
Ces grands domaines de recherche sont invoqués pour des problématiques liées à l'impact d'agents d'origine artificielle (polluants chimiques) ou naturelle sur des systèmes vivants, au niveau local ou global. Dans les deux cas, la métabolomique est un outil de choix pour l'obtention d'information issue de perturbations (stress biotique ou abiotique) du vivant et corrélable à d'autres types d'analyses (biochimiques, autres « -omiques », épidémiologiques, ...). L'extension à la méta-métabolomique, étude réalisée sur un ensemble complexe de systèmes biologiques en synergie, est un des challenges de nos domaines, notamment pour les écosystèmes.

 A l'échelle locale (e.g. un organisme vivant, un microcosme, un biotope) la métabolomique permet de mieux comprendre l'impact de contaminants (pesticides, mycotoxines et autres perturbateurs dans l'environnement et l'alimentation) sur l'équilibre du système concerné (homéostasie, santé, biodiversité, ...). Ainsi, l'identification de marqueurs précoces (xénobiotiques ou endogènes) d'exposition ou d'effets permet d'envisager une dimension prédictive sur les effets délétères de l'exposition à long terme.
 A un niveau plus global, la (méta-)métabolomique assure une couverture large des effets de changements (stress) à l'échelle d'une communauté ou d'un écosystème. On peut ainsi rechercher au sein de tous les compartiments environnementaux (sol, eau, atmosphère), des marqueurs reflets des modifications subtiles des conditions d'exposition en lien avec des évolutions sociétales ou climatiques.
La plateforme MetaToul
La plateforme "Exploration du Métabolisme" (PFEM, Clermont-Ferrand)